La Banque de données des mutations du gène F7
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Le gène du FVII (F7) est situé sur le chromosome 13 en position q34-qter à 2,8 kilobases en amont du gène du facteur X. Il s'étend sur seulement 12800 paires de bases (pb). La séquence nucléotidique de l'ADN génomique est connue depuis 1987 [O’Hara et al., 1987].

Les séquences codantes se répartissent en 9 exons, les exons 1 et 2 codant pour le peptide signal, l'exon 3 pour le propeptide et le domaine contenant les résidus gamma-carboxylés, l'exon 4 pour une courte région hydrophobe, les exons 5 et 6 pour les domaines EGF1 et EGF2, les exons 7 à 9 pour le domaine catalytique. On note de fortes homologies entre les protéines vitamine K-dépendantes au niveau des exons comme des introns. Ainsi le nombre et la phase, ou agencement du cadre de lecture exonique dicté par les introns, sont similaires à celles des introns des gènes des facteurs IX (FIX), X, protéine C (PC) et des 3 premiers introns du gène du facteur II. En revanche, au niveau de la taille et de la séquence proprement-dite des introns, on observe de nombreuses différences. Les séquences « alu » des gènes du FIX et de la PC ne sont pas retrouvées sur le gène F7 et inversement les 5 « imperfect tandem repeats » situés au niveau des introns 1, 2, 3, de la jonction exon-intron 8 et de l’exon 9 ne sont présents ni sur le gène du FIX ni sur celui de la PC.

Le promoteur est original car il ne possède pas les séquences TATA ni CAAT classiquement retrouvées respectivement dans 80 % et 30 % des promoteurs des gènes de classe II des systèmes eucaryotes. L'absence de séquence CAAT est d'autant plus singulière que la CAAT box est l'élément capital de transcription des gènes d'autres facteurs de la coagulation vitamine-K-dépendants comme le facteur IX ou le facteur X [Pollak et al., 1996]. Le site majeur de transcription du gène F7 a été localisé en position –51 soit 41 pb en aval d’un site de liaison Sp1 (identifié entre les nucléotides –100 et –94). Entre les deux, la séquence consensus des sites de liaison au HNF-4 (hepatocyte nuclear factor-4) ACTTTG a été localisée au niveau des nucléotides -63 à -58 [Pollak et al., 1996]. De nombreuses autres séquences consensus ont été proposées grâce aux banques de données mais leur implication réelle n’a pas encore été totalement démontrée.

La région 3’ non traduite a été très peu étudiée. Le site de polyadénylation (polyA) est classiquement déterminé par la séquence consensus AATAAA. Trois sites alternatifs ont été individualisés respectivement à 15, 19 et 41 nucléotides en aval de la dernière base du site signal AATAAA [O’Hara et al., 1987]. Généralement ces sites sont observés entre 10 et 30 nucléotides, le 3ème est donc en cela inhabituel.

L’ARNm du gène F7 subit un épissage alternatif. En effet, 90% de l'ARNm du gène F7, isolé de tissu de foie humain, ne contient pas l'exon 2 générant une molécule dont la séquence du peptide preproleader est de 38 contre 60 acides aminés [Hagen et al., 1986].




Séquence codante du transcrit contenant l'exon 2 (anciennement 1b)


Transcript Informations
Transcrit ENST00000375581
Gène F7
GI number 4503645
Chromosome 13
Swissprot ID P08709
Nombre d'exons 9
Brin +
Localisation de l'ATG exon 1
Position de l'ATG sur le chromosome (bp) 112808156


Séquence codante
 
E 1 E 2
ATG GTC TCC CAG GCC CTC AGG CTC CTC TGC CTT CTG CTT GGG CTT CAG GGC TGC CTG GCT GCA GGC GGG GTC GCT AAG GCC TCA GGA GGA
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E 2 E 3
GAA ACA CGG GAC ATG CCG TGG AAG CCG GGG CCT CAC AGA GTC TTC GTA ACC CAG GAG GAA GCC CAC GGC GTC CTG CAC CGG CGC CGG CGC
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GCC AAC GCG TTC CTG GAG GAG CTG CGG CCG GGC TCC CTG GAG AGG GAG TGC AAG GAG GAG CAG TGC TCC TTC GAG GAG GCC CGG GAG ATC
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E 3 E 4 E 5
TTC AAG GAC GCG GAG AGG ACG AAG CTG TTC TGG ATT TCT TAC AGT GAT GGG GAC CAG TGT GCC TCA AGT CCA TGC CAG AAT GGG GGC TCC
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TGC AAG GAC CAG CTC CAG TCC TAT ATC TGC TTC TGC CTC CCT GCC TTC GAG GGC CGG AAC TGT GAG ACG CAC AAG GAT GAC CAG CTG ATC
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TGT GTG AAC GAG AAC GGC GGC TGT GAG CAG TAC TGC AGT GAC CAC ACG GGC ACC AAG CGC TCC TGT CGG TGC CAC GAG GGG TAC TCT CTG
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CTG GCA GAC GGG GTG TCC TGC ACA CCC ACA GTT GAA TAT CCA TGT GGA AAA ATA CCT ATT CTA GAA AAA AGA AAT GCC AGC AAA CCC CAA
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GGC CGA ATT GTG GGG GGC AAG GTG TGC CCC AAA GGG GAG TGT CCA TGG CAG GTC CTG TTG TTG GTG AAT GGA GCT CAG TTG TGT GGG GGG
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ACC CTG ATC AAC ACC ATC TGG GTG GTC TCC GCG GCC CAC TGT TTC GAC AAA ATC AAG AAC TGG AGG AAC CTG ATC GCG GTG CTG GGC GAG
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CAC GAC CTC AGC GAG CAC GAC GGG GAT GAG CAG AGC CGG CGG GTG GCG CAG GTC ATC ATC CCC AGC ACG TAC GTC CCG GGC ACC ACC AAC
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CAC GAC ATC GCG CTG CTC CGC CTG CAC CAG CCC GTG GTC CTC ACT GAC CAT GTG GTG CCC CTC TGC CTG CCC GAA CGG ACG TTC TCT GAG
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AGG ACG CTG GCC TTC GTG CGC TTC TCA TTG GTC AGC GGC TGG GGC CAG CTG CTG GAC CGT GGC GCC ACG GCC CTG GAG CTC ATG GTC CTC
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AAC GTG CCC CGG CTG ATG ACC CAG GAC TGC CTG CAG CAG TCA CGG AAG GTG GGA GAC TCC CCA AAT ATC ACG GAG TAC ATG TTC TGT GCC
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GGC TAC TCG GAT GGC AGC AAG GAC TCC TGC AAG GGG GAC AGT GGA GGC CCA CAT GCC ACC CAC TAC CGG GGC ACG TGG TAC CTG ACG GGC
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ATC GTC AGC TGG GGC CAG GGC TGC GCA ACC GTG GGC CAC TTT GGG GTG TAC ACC AGG GTC TCC CAG TAC ATC GAG TGG CTG CAA AAG CTC
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ATG CGC TCA GAG CCA CGC CCA GGA GTC CTC CTG CGA GCC CCA TTT CCC TAG
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Séquence des introns et des exons
 
Séquence ID Séquence
Exon 1
ATGGTCTCCCAGGCCCTCAGGCTCCTCTGCCTTCTGCTTGGGCTTCAGGGCTGCCTGGCTGCAG
Intron 1
gtgcgtccggggaggttttctccataaacttggtggaagggcagtgggcaaatccaggagccagcccgggcttcccaaaccccgcccttgctccggacac
ccccatccaccaggagggttttctggcggctcctgttcaatttctttccttctagaaaccagcatccaggcacaggaggggaggcccttcttggtggccc
aggctttggcgggattatttttcaaagaactttaggagtgggtggtgctttcctggcccccatgggcccctgcctgtgaggtcggacaagcgcagggagt
ctggggcctctcagagtgcaggaagtgcgcacagggtgctcccaggctggggagcacaggtaggggacggtgcgtgggggatggcgcctggggcatgggg
gatggggtgtgggaaacggcatgtggggcgtaggggatggggtgtggaggatcgggggtggggatggcgtgtggggtgtgggggatgggccgtggggggg
tggggcctgggaaacagcatgtggggcatggggtgtgggggtgaggtgtgggaaagtgtgtggggtgtgggggatggggcatggaaagggcgtgtggggt
gcaggggatggggcatggaggtgtgggggatggggtgtgtggggtgtcggggatggggcatgtggggtgtgggggatggggcatggaaagggcgtgtggg
gtgcagaggatggggcatgggggggtggggatggcgagtggggctggggcctgggaatggtgagtggggcatggggatggcgagtagggggtgtggcgtg
aggatggctagtggggcgtggggatggcgtgtggggatggcgagtggggggtgggctgtgagggacagtgcctgggatgtggggctgcagccctagctca
cagcatggccttatgaccccggccaccttcctgccccag
Exon 2
GCGGGGTCGCTAAGGCCTCAGGAGGAGAAACACGGGACATGCCGTGGAAGCCGGGGCCTCACAGAG
Intron 2
gtgagcagggactgccactggttttgtcctggggcccagtgggggccaacatcacctccttcccctcccatggcaaagagccagcccgcggggtggctac
tgcagtgccccccaaggagggtgttccctgctcgagaggaagtgaccgctccagcttggccttccctgggactggggtgcaggcgattttatcttctttg
ctccattctgttccttccagataatcgtgtgttcttcatcaggttttcctcagttcttgagagcttttctgatgcaaatctgctttcaccccagggcggt
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gtgggtgtcccgggagtgtgggtgtcccgggggcgtgggtgtcccgggagtgtgggtgtcccggaggcgagggtgtcccgggagtgtgggtgtcccgggg
gagtgggtgtcccgggagtgtgggtgtcccggaggcgagggtgtcccgggagtgtgggtgtcccgggggcgtgggtgtcccgggagtgtgggtgtcccgg
gggagtgggtgtcccgggagtgtgggtgtcccggaggcgagggtgtcccgggagtgtgggtgtcccgggggagtgggtgtcccgggagtgtgggtgtccc
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ggtgttccggaggcgagggtgtcccgggagtgtgggtgtcccgggggcgtgggtgtcccgggagtgtgggtgttccggaggtgagggtgtcccgggagtg
tgggtgttccggaggcgagggtgtcccgggagtgtgggtgtcccaggggcgtgggtgtcccgggagtgtgggtgttccggaggcgagggtgtcccgggag
tgtgggtgttccggaggcgagggtgtcccgggagtgtgggtgtcccgggggcgtgggtgtcccgggggttgtgggtgtcccgggagtgtgggtgttccgg
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cgtcctcccagcaaaggtcgtccctccggaacgcgcctcctgcggcctctccagagcccctcccgcgcgtcctctcagccccgctcgcctcctcccgggg
cctccctctcccgcctgcccccaggcccgtctcccctcgcgggctgaggcaggttcgggcagcacggccgccccggggcgggggtcactctccaccaccg
cgtggtgcccacagctcacggcgctcccgggtgacggtcccctcggctgtagggcgtcctgaagagcggcctgctcggagctgagcgcacggggttgcct
cgccctgggcgtctctggccctcaccagccccgtcttcccatgggcaaaacggcggtcctgtttgtccacaagtaaccgtcggggttacggaggggccag
gagctgcggcggggggctgtgctctcaggaccggccccaggaggatccgcgcgaggtctggagctctcaggggtcgcgggggacagaggggccccaagcg
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ggacggaggcctggggaaggcggatctggccgccggagacgcggtgcgggtggagacgagggatttggatttccgcgggcggctgtacggatttccacgc
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cgcagcccccttcggcccggcttccgcgcgtgcccccgagcgcgccctcgggatcagcccccggaagcagagaggccaggccgggaaggatgggcgacgg
gggtggctgacccgggagcacggcagggaggacacccagccaggcccgcgagcagcgccgctcccctcctccaggacgggcgggaacctgcgatgccccc
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Exon 3
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Intron 3
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Exon 4
AAGCTGTTCTGGATTTCTTACAGTG
Intron 4
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Exon 5
ATGGGGACCAGTGTGCCTCAAGTCCATGCCAGAATGGGGGCTCCTGCAAGGACCAGCTCCAGTCCTATATCTGCTTCTGCCTCCCTGCCTTCGAGGGCCG
GAACTGTGAGACGC
Intron 5
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Exon 6
ACAAGGATGACCAGCTGATCTGTGTGAACGAGAACGGCGGCTGTGAGCAGTACTGCAGTGACCACACGGGCACCAAGCGCTCCTGTCGGTGCCACGAGGG
GTACTCTCTGCTGGCAGACGGGGTGTCCTGCACACCCACAG
Intron 6
gtgaccaggcttcatgtcccagtcccagatgacaccagtccctgtcccactacggattatcttactggacaaaagacgggtgggagtggcttcacatcta
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Exon 7
TTGAATATCCATGTGGAAAAATACCTATTCTAGAAAAAAGAAATGCCAGCAAACCCCAAGGCCGAATTGTGGGGGGCAAGGTGTGCCCCAAAGGGGAGTG
TCCATGGCAG
Intron 7
gtaaggcttcccctggcttcaggattccaagccctgagggtcttgaagccttttgaatgtgaacaacagctctggaagggaaaatgggcaggtcagcccc
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Exon 8
GTCCTGTTGTTGGTGAATGGAGCTCAGTTGTGTGGGGGGACCCTGATCAACACCATCTGGGTGGTCTCCGCGGCCCACTGTTTCGACAAAATCAAGAACT
GGAGGAACCTGATCGCGGTGCTGG
Intron 8
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Exon 9
GCGAGCACGACCTCAGCGAGCACGACGGGGATGAGCAGAGCCGGCGGGTGGCGCAGGTCATCATCCCCAGCACGTACGTCCCGGGCACCACCAACCACGA
CATCGCGCTGCTCCGCCTGCACCAGCCCGTGGTCCTCACTGACCATGTGGTGCCCCTCTGCCTGCCCGAACGGACGTTCTCTGAGAGGACGCTGGCCTTC
GTGCGCTTCTCATTGGTCAGCGGCTGGGGCCAGCTGCTGGACCGTGGCGCCACGGCCCTGGAGCTCATGGTCCTCAACGTGCCCCGGCTGATGACCCAGG
ACTGCCTGCAGCAGTCACGGAAGGTGGGAGACTCCCCAAATATCACGGAGTACATGTTCTGTGCCGGCTACTCGGATGGCAGCAAGGACTCCTGCAAGGG
GGACAGTGGAGGCCCACATGCCACCCACTACCGGGGCACGTGGTACCTGACGGGCATCGTCAGCTGGGGCCAGGGCTGCGCAACCGTGGGCCACTTTGGG
GTGTACACCAGGGTCTCCCAGTACATCGAGTGGCTGCAAAAGCTCATGCGCTCAGAGCCACGCCCAGGAGTCCTCCTGCGAGCCCCATTTCCCTAG